This course is designed to provide students with the essentials of biology. Biology = Science of Life. What are we? What is Life? What do living things have in common? What makes us, us? Non-native English speakers are welcome. Consider taking this course if you want to learn Biology in English and interact with English speakers.

"2つのコースから選択する． ①動物生理学実習（担当教員：榎本和生，鈴木郁夫，辻真人） 本実習では脳神経ネットワークの構造と機能について学ぶ．生物の脳では，数100〜1000億個のニューロンが神経突起を正確に配線する事によりネットワークを形成しており，それが神経機能の構造的基盤となる．本実習では、昆虫（ショウジョウバエ）と哺乳動物（マウス）の脳神経系を研究材料として，脳神経ネットワーク構造の生体イメージング観察技術を習得するとともに，種々の遺伝子変異が脳神経構造に及ぼす影響を理解することにより，神経ネットワーク機能の理解を目指す．さらに，ショウジョウバエ幼虫の嗜好性行動をモデルとして，好き嫌いを規定する神経回路の構造基盤について理解するとともに，最新の光遺伝学的手法，数理モデリング、バーチャルリアリティー等をもちいて動物の行動を操作・数値化する実験に取り組む． ②発生細胞生物学実習（担当教員：東山哲也、吉田大和、奥田哲弘、上園幸史）植物を材料に、細胞の動きや分裂の動的な制御をテーマに、細胞間シグナリングや、タンパク質の分子機能について学ぶ。個々の細胞の挙動を顕微鏡技術により捉え、機能分子による制御について学ぶ。このために、様々な植物の花粉管を用い、マイクロ流体デバイスによるライブセル解析を自らデザインし実行する。 単純な構造を持つ単細胞藻類を用いて、細胞およびオルガネラの分裂増殖機構について学ぶ。光の明暗周期による細胞周期の同調化実験や分裂増殖に関わる遺伝子に蛍光タグを導入した形質転換細胞の長期間タイムラプス観察を試みる。またイムノブロッティング法による分裂期特異的に発現するタンパク質の検出や蛍光顕微鏡画像の解析方法、さらにゲノムDNA配列の分析、mRNAトランスクリプトームデータ解析、タンパク質分子の立体構造シミュレーションなどの様々なオミクス解析法を学ぶ。

Statistics and biometrics have emerged as crucial disciplines not only in agricultural sciences but also in various other fields. This significance is primarily attributed to three factors: Firstly, advancements in data measurement techniques have facilitated the collection of extensive and diverse biological and agronomic data that were previously unattainable. Secondly, the evolution of data science methodologies has enabled the integration and modeling of such collected data. Thirdly, the enhancement of computational capabilities has empowered the utilization of these methodologies. These advancements have rendered statistical and biometric methods indispensable for extracting insights from the vast and varied biological and agronomic datasets. Throughout this lecture series, a diverse array of biological and agronomic datasets will serve as illustrative examples to demonstrate various analytical methods. Delivered in a hands-on format, utilizing R, Python, and Matlab, the aim is to equip students with practical analysis skills. The initial portion of the course, spanning the first one-third, will focus primarily on techniques for summarizing, visualizing, and modeling relationships within multivariate datasets. In the subsequent one-third, students will delve into linear models, linear mixed models, local regression, and nonlinear models. Finally, in the last segment, students will explore image analysis, machine learning, and deep learning methods. While the course will cover a broad spectrum of methods, ranging from introductory to advanced levels, the emphasis will be on developing the capability to independently conduct analyses rather than on elaborating on the theoretical underpinnings of the methods.

これまでの生物学・基礎生命科学研究の発展には、「モデル生物」が非常に重要な役割を果たしてきた。モデル生物とは、「大腸菌で正しいことは象でも正しい」という言葉に代表される生命現象制御メカニズムの普遍性を前提として、多くの研究者がさまざまな角度から集中的（および協力的または競争的）に研究するために選ばれた生物種である。これまでに、ファージ・大腸菌・ウニ・カエル・出芽酵母・線虫C. エレガンス・ショウジョウバエ・ゼブラフィッシュ・マウス・ラット・アカゲザル・シロイヌナズナ等が選ばれてきた。 しかし、これらの中には現在はほとんど研究対象として用いられていない生物種も存在する。また、過度に「モデル生物」に集中した研究の弊害も明らかになりつつある。（例えば、実験用ハツカネズミは野生のハツカネズミよりも遥かに飼育しやすいが、これは室内で「貴族的」に振る舞うように選択圧が掛けられた結果である可能性が高い。） 全ゲノム解析やゲノム編集、さらには細胞単位でのRNA発現解析が容易に行われるようになった現在において、何十年も前に選ばれた「モデル生物」を研究し続ける意味は存在するのであろうか？ 本講義では、モデル動物の"Big Four"の１つとして知られる線虫C. エレガンスを主な題材として、「なぜモデル生物として選ばれたか？」「その結果として何がなされたか？」「最先端の現場では何が行われているか？」「未来の研究のためには何が必要か？」について、講師・木村が関与した「老化」や「microRNA」に関わる遺伝学的解析および「刺激〜神経活動〜行動」の多次元計測とその解析を中心として整理する（詳細は、下記「その他」参照）。 その上で、上記の知見および受講者からの研究提案とそれに対する議論などを介して、「モデル生物」の意義や可能性を現在の生命科学研究の視点から問い直す。これらの活動の結果として、将来において受講者自身が独創的かつ本質的な生命科学の研究対象や研究手法を選択するための手掛かりを獲得することを、本授業の目標とする。 本授業は集中講義であり、開講時期は8/6（水）〜8（金）の３日間（２限〜５限）、授業は10:30 ~ 18:00を予定してる（終了時間は前後する可能性がある）。 The concept of "model organisms" has played a crucial role in the advancement of biological and life sciences research. Traditionally, model organisms have been selected based on the assumption that fundamental biological mechanisms are universal, allowing concentrated research efforts across various disciplines. Examples include bacteriophages, E. coli, sea urchins, frogs, yeast, C. elegans, fruit flies, zebrafish, mice, rats, macaques, and Arabidopsis thaliana. However, some of these organisms are now rarely used in research, and concerns have emerged regarding the limitations of relying too heavily on a small set of model species. Advances in genome sequencing, gene editing, and single-cell RNA analysis now allow researchers to explore a broader range of organisms, prompting the question: Does it still make sense to study model organisms chosen decades ago? This course will use the nematode C. elegans, one of the “Big Four” model animals, as a focal point to examine key questions: Why was it selected as a model organism? What scientific discoveries have resulted from its use? What cutting-edge research is being conducted today? And what is needed for the future of biological research? Discussions will center on the instructor’s work in genetics related to aging and microRNAs, as well as multi-dimensional analyses of neuronal activity and behavior. Through lectures, discussions, and student research proposals, this course will encourage a critical reassessment of the role of model organisms in modern life sciences. The goal is to provide students with insights that will help them make independent and innovative choices in their future research. Course Format: Intensive three-day course (August 6–8), covering periods 2–5 each day.

これまでの生物学・基礎生命科学研究の発展には、「モデル生物」が非常に重要な役割を果たしてきた。モデル生物とは、「大腸菌で正しいことは象でも正しい」という言葉に代表される生命現象制御メカニズムの普遍性を前提として、多くの研究者がさまざまな角度から集中的（および協力的または競争的）に研究するために選ばれた生物種である。これまでに、ファージ・大腸菌・ウニ・カエル・出芽酵母・線虫C. エレガンス・ショウジョウバエ・ゼブラフィッシュ・マウス・ラット・アカゲザル・シロイヌナズナ等が選ばれてきた。 しかし、これらの中には現在はほとんど研究対象として用いられていない生物種も存在する。また、過度に「モデル生物」に集中した研究の弊害も明らかになりつつある。（例えば、実験用ハツカネズミは野生のハツカネズミよりも遥かに飼育しやすいが、これは室内で「貴族的」に振る舞うように選択圧が掛けられた結果である可能性が高い。） 全ゲノム解析やゲノム編集、さらには細胞単位でのRNA発現解析が容易に行われるようになった現在において、何十年も前に選ばれた「モデル生物」を研究し続ける意味は存在するのであろうか？ 本講義では、モデル動物の"Big Four"の１つとして知られる線虫C. エレガンスを主な題材として、「なぜモデル生物として選ばれたか？」「その結果として何がなされたか？」「最先端の現場では何が行われているか？」「未来の研究のためには何が必要か？」について、講師・木村が関与した「老化」や「microRNA」に関わる遺伝学的解析および「刺激〜神経活動〜行動」の多次元計測とその解析を中心として整理する（詳細は、下記「その他」参照）。 その上で、上記の知見および受講者からの研究提案とそれに対する議論などを介して、「モデル生物」の意義や可能性を現在の生命科学研究の視点から問い直す。これらの活動の結果として、将来において受講者自身が独創的かつ本質的な生命科学の研究対象や研究手法を選択するための手掛かりを獲得することを、本授業の目標とする。 本授業は集中講義であり、開講時期は8/6（水）〜8（金）の３日間（２限〜５限）、授業は10:30 ~ 18:00を予定してる（終了時間は前後する可能性がある）。 The concept of "model organisms" has played a crucial role in the advancement of biological and life sciences research. Traditionally, model organisms have been selected based on the assumption that fundamental biological mechanisms are universal, allowing concentrated research efforts across various disciplines. Examples include bacteriophages, E. coli, sea urchins, frogs, yeast, C. elegans, fruit flies, zebrafish, mice, rats, macaques, and Arabidopsis thaliana. However, some of these organisms are now rarely used in research, and concerns have emerged regarding the limitations of relying too heavily on a small set of model species. Advances in genome sequencing, gene editing, and single-cell RNA analysis now allow researchers to explore a broader range of organisms, prompting the question: Does it still make sense to study model organisms chosen decades ago? This course will use the nematode C. elegans, one of the “Big Four” model animals, as a focal point to examine key questions: Why was it selected as a model organism? What scientific discoveries have resulted from its use? What cutting-edge research is being conducted today? And what is needed for the future of biological research? Discussions will center on the instructor’s work in genetics related to aging and microRNAs, as well as multi-dimensional analyses of neuronal activity and behavior. Through lectures, discussions, and student research proposals, this course will encourage a critical reassessment of the role of model organisms in modern life sciences. The goal is to provide students with insights that will help them make independent and innovative choices in their future research. Course Format: Intensive three-day course (August 6–8), covering periods 2–5 each day.

What is for a person to live a good life, that is, a life that it good for the person? It is usually said that a good life consists in the happiness – or well-being – of the person. But what, then, is well-being? Philosophers have given various answers to this question, and raised challenges to the coherence or utility of the notion itself. This course will survey the major philosophical theories of well-being.

What is for a person to live a good life, that is, a life that it good for the person? It is usually said that a good life consists in the happiness – or well-being – of the person. But what, then, is well-being? Philosophers have given various answers to this question, and raised challenges to the coherence or utility of the notion itself. This course will survey the major philosophical theories of well-being.

This course explores the persistent challenge of gender-based data disparities and their far-reaching consequences for society. Across various domains, from health and education to economic participation and political representation, the lack of gender-disaggregated data hinders our ability to understand and address the unique needs and experiences of women, girls, and gender-diverse individuals. Throughout the course, students will engage in discussions, readings, and a hands-on project that involves analyzing publicly available gender-segregated data. This will allow them to develop a deep understanding of the gender data gap and its implications, as well as practical skills in data analysis, visualization, and policy advocacy. This class will be taught in English and students will be expected to speak in English and complete assignments in English.

This course explores the persistent challenge of gender-based data disparities and their far-reaching consequences for society. Across various domains, from health and education to economic participation and political representation, the lack of gender-disaggregated data hinders our ability to understand and address the unique needs and experiences of women, girls, and gender-diverse individuals. Throughout the course, students will engage in discussions, readings, and a hands-on project that involves analyzing publicly available gender-segregated data. This will allow them to develop a deep understanding of the gender data gap and its implications, as well as practical skills in data analysis, visualization, and policy advocacy. This class will be taught in English and students will be expected to speak in English and complete assignments in English.