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最終更新日:2024年4月22日

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生物統計情報学特論Ⅷ

遺伝子とゲノム解析
本講義では、ゲノム医学研究とゲノムデータの測定法の基本的知識を習得し、SNPおよびトランスクリプトームデータの解析方法について学ぶ。PLINK、R、SASを用いた実習も行う。
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時間割/共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
4962480
GII-BS6308L1
生物統計情報学特論Ⅷ
野村 尚吾
S1
集中4限、集中5限
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講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
開講所属
学際情報学府
授業計画
4月23日 1.ゲノム医学研究とゲノムデータの測定方法(4時限目のみ) 5月1日 2.SNPデータ解析1(PLINK実習) 3.SNPデータ解析2(PLINK実習) 5月8日 5.トランスクリプトームデータ解析1(R実習) 6・トランスクリプトームデータ解析2(R実習) 5月29日 7.高次元データ解析演習1 8.高次元データ解析演習2
授業の方法
講義とソフトウェアによる演習(適宜、資料を配布する) すべてオンラインで授業します。ZOOMを予めインストールしておいてください。 講義開始5分前には、以下のURLまたはミーティングID、パスワードを用いて、 *****のミーティングに参加しておいてください。 https://zoom.us/***** ミーティングID: ***** パスワード: ***** 緊急時用のチャットについては以下のGoogle Spread Sheetを利用ください。 https://docs.google.com/*****
成績評価方法
演習・レポート(50%)、出席(50%)
教科書
資料を配布する。
参考書
・ ゲノム医学のための遺伝統計学 (クロスセクショナル統計シリーズ 3).田宮・植木・小森著(共立出版社) ・ トランスクリプトーム解析 (シリーズ Useful R 7).門田幸二著(共立出版社) ・ 次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊).清水・坊野監修(秀潤社) ・ 原理からよくわかるリアルタイムPCR完全実験ガイド (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ). 北條編集 (羊土社)
履修上の注意
生物統計家として習得しておくべき方法論であり、履修を推奨する。授業日に注意すること。 前日の夜までに資料をITC-LMSにアップロードする。 ⇒以下サイトへアップロード、へ変更。 https://nuss.nagoya-u.ac.jp/***** ・ 原則、講義前日の18時までにアップされる。 ・ 各自予めダウンロードしておくこと。 講義日程に変更がある場合があるため、適宜確認すること。 出席については、ITC-LMS上で各自登録すること。 ・ 登録可能時間帯:規定の授業時間内(2コマ連続なら2コマ分)とその前後10分 ・ 遅刻扱い:規定の授業開始時間(2コマ連続なら1コマ目)の15分後以降の登録 ・ パスワード: *****
その他
履修登録をせず、聴講のみを希望する場合は、聴講を希望する科目の担当教員から 事前に許可を得ること。ただし、以下のことに留意すること。 ・ 聴講希望者は、氏名、所属、メールアドレス、 聴講希望科目を ***** まで連絡すること。 ・ 希望者が多数の場合は、人数を制限することがある。 ・ 統計解析ソフトウェア SAS を用いた実習を行う科目を受講する際は、SAS がイン ストールされたノート PC を各自用意すること(PC の貸与はありません)。 ・ 聴講が認められた科目には、特段の理由がない限り、最終講義まで出席すること (欠席が多い場合は、他科目の聴講申請・聴講許可を取り消す場合がある)。