配列解析アルゴリズム特論

配列解析アルゴリズムについて論じる。

文字列処理、文字列探索・検索、文字列圧縮、組み合わせパタンマッチング等のアルゴリズムについて学ぶ。
生物学・医学等への応用についても触れるが、アルゴリズムや関連した計算理論の理解を主眼とする。

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授業計画

１．文字列探索・検索アルゴリズム１２．文字列探索・検索アルゴリズム２３．アラインメント１４．アラインメント２５．文字列索引１６．文字列索引２７．文字列索引３８．文字列索引４９．あいまい検索１０．文字列圧縮１１．クラスタリング・系統樹解析１２．バイオインフォマティクス・アルゴリズム１１３．バイオインフォマティクス・アルゴリズム２

授業の方法

講義形式で行う。

成績評価方法

レポート課題提出で評価する。

教科書

V. Makinen et al. Genome-Scale Algorithm Design, Cambridge Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge

参考書

渋谷哲朗、アルゴリズム、丸善出版ポランスキ・キンメル　後藤修訳、丸善出版

履修上の注意

情報科学の基礎知識を持っていることが好ましい。生物学や医学の知識は不要。