ゲノム配列解析論Ⅱ

次世代シークエンサー配列解析、RNA配列解析の専門家と協力して講義を行う予定 下は講義内容の目安であり、進度に応じて変更する。 (1) 10月 4日 Fri RNA-seq、Expression analysis(発現解析) (2) 10月11日 Fri Stochstic grammars and stochastic models (確率文法と確率モデル) (4) 10月18日 Fri Algorithms for RNA secondary structure prediction (RNA２次構造予測アルゴリズム) (3) 10月25日 Fri RNA information analysis by stochastic nodels (確率モデルによるRNA情報解析) (5) 11月1日 Fri Advanced topics (発展的な内容) (6) 11月８日 Fri Advanced topics(発展的な内容) (7) 11月15日 Fri Examination (対面筆記試験)

Zoom lectures and small test, reports and some exercises. スライドを用いた講義と小テスト、レポート課題による演習を組み合わせた授業を行う。

随時実施する小テスト＆レポートと筆記試験による。 (Short tests & Reports, Paper test)

Not specified 指定しない。

生物配列の統計―核酸・タンパクから情報を読む (統計科学のフロンティア９）岩波書店 生命情報処理における機械学習（機械学習プロフェッショナルシリーズ）、講談社 R.Durbin et al.: Biological sequence analysis, Cambridge Univ. Press

This lecture expects student who took Genome Sequence Analysis 1, but those who already have knowledge of algorithms of sequence alinment can also take this course. ゲノム配列解析論Ⅰを履修した学生を想定して講義を行うが、配列アラインメントのアルゴリズムに関する基礎的な知識があれば、受講して構わない。 単位取得のためには、随時行う小テスト・レポート課題を提出し、かつ筆記試験で基準以上の点数を取る必要がある。筆記試験のみを受験して講義に出席しないと単位が認められないので注意すること。

理学部生物情報科学科の学部科目、「ゲノム配列解析論Ⅱ」と同時に開講する。 講義の大部分はオンラインで行うが、11月15日の筆記試験は対面で行う。