ゲノム配列解析論Ⅰ

配列情報解析の３人の専門家、浅井潔、加藤和貴、Martin Frith、が講義する。 Course content: Critical thinking versus cargo cult science, and dangers of jargon. Diversity of genetic sequence data. Examples of knowledge we can gain by comparing sequences. How genetic sequences mutate and evolve. Evolutionary relationships: homology, orthology, and paralogy. Repeats: transposable elements and tandem repeats. Facts versus definitions. Finding clumps in sequential data, by dynamic programming. Facts versus definitions. Finding one optimal clump: Kadane's algorithm for one sequence, Smith-Waterman algorithm for comparing two sequences. Problems and solutions when there is more than one clump. Probability models: all models are wrong, but some are useful. Hidden Markov models. Similar sequences occurring by chance, p-values and E-values, multiple testing. Multiple sequence alignment: aligning more than two sequences to each other. Fast algorithms: seed-and-extend alignment versus alignment-free sequence comparison. Spaced seeds and subset seeds. Suffix arrays. Sampling a subset of positions in a sequence.

スライドを用いた講義と小テスト、レポート課題による演習を組み合わせた授業を行う。 一部の講義をZoomによるオンライン講義とする場合がある。

随時実施する小テスト＆レポートと筆記試験による。 (Short tests & Reports, Examination)

「ゲノム配列解析論Ⅰ」は配列情報解析の基本を学ぶ科目であり、生物学科、生物化学科の学生にも履修を推奨する。 単位取得のためには、随時行う小テスト・レポート課題を提出し、かつ筆記試験で基準以上の点数を取る必要がある。筆記試験のみを受験して講義に出席しないと単位が認められないので注意すること。 レポート課題、追試・追レポート等などは、LMSに掲示するので、毎回参照すること。

＜その他＞ 理学部生物情報科学科の学部科目、「ゲノム配列解析論Ⅰ」と同時に開講する。