生物情報ソフトウェア論Ⅱ

DNAの高次構造 　エピゲノムの基礎とDNA全域での観測方法 　DNAメチル化等のDNA修飾、ヒストン修飾、遺伝子制御領域の折り畳み構造 　遺伝子間の接触情報、DNAの高次構造を観測するHi-C法とその解析アルゴリズム アミノ酸配列からタンパク質の3次元構造を予測 　機械学習・深層学習の基礎、立体構造予測の基礎 AlphaFold法のアルゴリズムと応用 タンパク質言語モデルとミスセンス変異予測、生成AIとAlphaFold3

講義実施予定日　 6/5, 6/12, 6/19 担当　森下真一 6/26, 7/3, 7/10 担当　瀧川一学

下記のスケジュールで、対面で筆記試験を実施し、成績を評価します。 日時　7/17　10:25 - 12:10 場所　理学部１号館中央棟 337A講義室

講義ノートは ITC-LMS から配布します。

一般的なアルゴリズムの教科書　 Thomas H. Cormen, Charles E. Leiserson, Ronald L. Rivest, Clifford Stein: Introduction to Algorithms, Third Edition ISBN-10: 0262533057 ゲノムデータ処理に特化したアルゴリズムの教科書 Veli Mäkinen,Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu, Genome-Scale Algorithm Design - Biological Sequence Analysis in the Era of High-Throughput Sequencing, https://doi.org/*****

新しい研究テーマについての講義内容が多いため、復習を重点的にしてください。