〇回遊過程(高度回遊性魚類、回遊モデル、索餌・産卵・越冬回遊、通し・非通し回遊、定位と航法)鉛直遊泳行動と行動研究の基本概念(鉛直遊泳行動、体温調節、特異動的作用、至近・究極要因、自己運動論)回遊調査法(資料解析、標識放流法、バイオロギング、生物地球化学タグ、経緯度推定法)
〇海水の物理的循環過程(風成循環、熱塩循環、エルニーニョ、レジームシフト、気候変動) 鉛直混合過程(乱流、混合層、境界層、湧昇、生物生産)陸水・汽水の物理的循環過程(エスチュアリー循環、塩水くさび、潮汐、河川、地下水)生物の分布・分散過程(卵仔稚輸送、拡散、資源変動、環境変動、海洋循環)
〇複合生態系(海洋生態系、一次生産過程、エコシステム、炭素循環、スケール)
有機物分解と微生物過程(有機物濃度、溶存態有機物、微生物ループ、懸濁物、微生物機能)富栄養化・貧酸素(東京湾、微生物分解、鉛直構造、好気的呼吸、有機物代謝)
〇河口域の生態系(環境勾配、干潟、塩生湿地、マングローブ林、食物連鎖、河口域の保全)
藻場・サンゴ礁の生態系(海草藻場、海藻藻場、サンゴ礁、藻場・サンゴ礁の保全)
岩礁と砂浜の生態系(環境耐性、帯状分布、種間相互関係、鍵種、沿岸域の保全)