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最終更新日：2025年4月21日

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機能ゲノム学

ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、Linux基礎、比較ゲノム解析、染色体構造解析、および単一細胞解析について解説します。
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時間割／共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
3912108
GAG-CC6208L1
機能ゲノム学
門田　幸二
S1 S2
火曜5限、火曜6限
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講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
可
開講所属
農学生命科学研究科
授業計画
2025年5月27日、6月3日、10日、17日　17:15～20:30 以下を予定しています： 1)バクテリアゲノム解析とその周辺 2)Linuxで比較ゲノム解析 3)Hi-Cデータを中心とした染色体構造解析 4)トランスクリプトーム解析
授業の方法
講義はZoomを用いて実施します。講義後にオンデマンド配信も行う予定です。
成績評価方法
レポートで評価します。
教科書
特になし。
参考書
・先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム／編、独習 Pythonバイオ情報解析、羊土社、2021 ・坊農秀雅、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版、MEDSi、2023 ・坊農秀雅 編、改訂版RNA-Seqデータ解析 Wetラボのための鉄板レシピ、羊土社、2023 ・門田幸二、清水謙多郎、岸野洋久、寺田透　共編著、Web連携テキスト　バイオインフォマティクス　基礎から応用、培風館、2022
履修上の注意
実習ではLinuxとGoogle Colabを利用予定です。 本科目は「生物配列解析基礎」および「ゲノム情報解析基礎」と関連していますので、併せて履修することをお勧めします。
その他
説明(medium of instrucion)：J 、資料(course materials)：J 許可なく講義画面のスクリーンショットを撮影することや、講義の録画・録音すること、これらを第三者がわかるような形でアップロードすることは、不正行為と見なされます。講義のZoom URLを第三者に提供することも不正行為と見なされます。
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