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最終更新日：2024年4月22日

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機能ゲノム学

ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、Linux基礎、比較ゲノム解析、染色体構造解析、および単一細胞解析について解説します。
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時間割／共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
3912108
GAG-CC6208L1
機能ゲノム学
門田　幸二
S1 S2
集中
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講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
可
開講所属
農学生命科学研究科
授業計画
2024年5月14日、21日、28日、6月14日　17:15～20:30 以下を予定しています： 1)バクテリアゲノム解析とその周辺(5/14:谷澤) 2)Linuxで比較ゲノム解析(5/21:門田) 3)Hi-Cデータを中心とした染色体構造解析(5/28:東) 4)トランスクリプトーム解析(6/4:東)
授業の方法
講義はZoomを用いて実施します。講義後にオンデマンド配信も行う予定です。
成績評価方法
レポートで評価します。
教科書
特になし。
参考書
・先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム／編、独習 Pythonバイオ情報解析、羊土社、2021 ・坊農秀雅、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版、MEDSi、2023 ・坊農秀雅 編、改訂版RNA-Seqデータ解析 Wetラボのための鉄板レシピ、羊土社、2023 ・門田幸二ほか 編、Web連携テキスト　バイオインフォマティクス、培風館、2022
履修上の注意
実習ではLinuxとColabを利用予定です。 本科目は、「ゲノム情報解析基礎」と関連していますので、併せて履修することをおすすめします。
その他
説明(medium of instrucion)：J 、資料(course materials)：J 許可なく講義画面のスクリーンショットを撮影することや、講義の録画・録音すること、これらを第三者がわかるような形でアップロードすることは、不正行為と見なされます。講義のZoom URLを第三者に提供することも不正行為と見なされます。
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