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最終更新日：2024年4月22日

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機能ゲノム学

ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、ゲノムサイズ推定など様々な目的で利用されるk-mer出現頻度解析、染色体構造解析、および単一細胞RNA-seq解析に関する講義を行います。
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時間割／共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
3912108
GAG-CC6208L1
機能ゲノム学
門田　幸二
S1 S2
集中
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講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
可
開講所属
農学生命科学研究科
授業計画
2023年5月23日、30日、6月6日、13日　17:15～20:30 以下を予定しています： 1)ゲノム解析：バクテリアゲノム解析とその周辺（5/23：谷澤） 2)ゲノム解析：k-mer解析の基礎と応用（5/30：門田） 3)ゲノム解析：Hi-Cデータを中心とした染色体構造解析（6/6：東） 4)トランスクリプトーム解析（6/13：東）
授業の方法
講義はZoomを用いてハンズオン形式で実施します。講義後にオンデマンド配信も行う予定です。 講義資料の配布などは、 ITC-LMS を通して行います。
成績評価方法
実習に対する取り組み姿勢およびレポートに基づいて総合的に評価します。
教科書
特になし。
参考書
・先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム／編、独習 Pythonバイオ情報解析、羊土社、2021 ・坊農秀雅、生命科学データ解析、第2版、MEDSi、2021 ・坊農秀雅 編、RNA-Seqデータ解析 Wetラボのための鉄板レシピ、羊土社、2019 ・藤博幸 編、よくわかるバイオインフォマティクス入門、講談社、2018 ・門田幸二ほか 編、Web連携テキスト　バイオインフォマティクス、培風館、2022
履修上の注意
実習ではR・RStudioとPythonを利用予定です。詳細は、ITC-LMSにてお知らせします。 本科目は、「ゲノム情報解析基礎」と関連していますので、併せて履修することをおすすめします。
その他
説明(medium of instrucion)：J 、資料(course materials)：J ・Zoomオンライン講義です。講義後にオンデマンド配信も行う予定です。 ・授業のZoom URLを公開することは厳禁です。 ・本講義のスクリーンショット撮影、録画や録音等は一切禁止します。
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