第3, 4回 (講義)タンパク質の立体構造とProtein Data Bank (PDB)。(実習)PDBjの「今月の分子」から各自興味のある分子を探して、グループ内で紹介する。
第5, 6, 7, 8回(講義)タンパク質の立体構造から機能を文献情報やPDBに登録された構造情報を用いて理解する。(実習)それぞれのグループで選んだタンパク質についての文献を読んだり、可視化したりすることを通して、構造と機能の関係について議論する。それぞれのグループで調べたことをプレゼンテーションする。
第9, 10, 11, 12回(講義)タンパク質の形と動きを理解する学際的アプローチ。(実習)グループ毎にテーマを選び、理論とシミュレーション(物理学)・薬剤複合体構造予測(化学)・細胞内環境モデリング(生物学)などについてのデータ解析を行い、その手法や結果についてまとめる。
第13回 それぞれのグループで行った解析についてプレゼンテーションをする。さらに、学際的なアプローチを合わせて可能になる共同研究を提案する。