年間の学術活動の内容と目標を提出し、それにもとづいて指導をおこなう。S1・S2タームでは問題点を整理し、課題を明確にしたうえで、課題解決の方法を探る。さらに参考文献にもとづいて、課題解決の学習とそれに対する評価を中心に授業を進める。A1・A2タームでは、Sタームで取り上げた具体的な考古遺物を、学内および学外の研究機関において資料化し、分析する。その結果を年度末に報告する。
修士課程では国内外での学術活動、博士課程では海外での学術活動を対象とするのが原則であるが、専門分野の特性に応じて、指導教員と相談の上、学術活動課題を決定する。