学部後期課程
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生命情報表現論

ゲノム研究の進展により生命科学は仮説駆動型からデータ駆動型の科学に変貌しつつある。このような科学を推進するには、多種多様で複雑なデータや知識を計算機でうまく扱えるようにすることが不可欠である。本講義では、その基礎となる理論や技術について解説する。
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時間割/共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
0560562
FSC-BI3B42L1
生命情報表現論
角田 達彦
A2
月曜3限
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教室
理学部3号館 412
講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
開講所属
理学部
授業計画
7回にわたり、以下のような内容を講義する。(講義内容の順序は変更される可能性有り) 1.生命情報表現論イントロ: 生命情報の表現法と解析法の研究開発がなぜ必要か?(11/29) 2.人工知能研究と知識表現: コンピュータサイエンスで開発された種々の知識表現法と推論(関係代数とSQL、述語論理、プロダクションシステム、フレーム)、NoSQL、深層学習とその表現(11/29) 3.非構造化知識の処理:情報検索、検索エンジン、質問応答システム、自然言語処理とテキストマイニング、電子カルテと医療情報(12/6) 4.ゲノム配列、ゲノムアノテーションと遺伝子進化: ゲノム配列データの表現と解析の概要、系統樹、ゲノムアノテーション、GWAS、ゲノム多様性解析、eQTL、polygenic risk score、パラログ・オルソログ、次世代シークエンサー技術とがんゲノム解析(12/6、12/13) 5.グループ議論とプレゼンテーション(12/20) 6.生命科学におけるネットワークデータの表現法と知識抽出: 相互作用、遺伝子共発現、パスウェイ、システム生物学、分子から細胞へ(12/27) 7.データの共有と統合: オントロジー、統合解析、オープンデータ・オープンアクセス、CCライセンス(1/17) 8.グループ議論とプレゼンテーション(1/24) 期末試験(1/31)
授業の方法
今期はオンラインによる講義と議論、プレゼンテーションを基本とする。 8:30 - 10:00 の 90 分を基本とする。 パワーポイントを利用した講義形式、一部グループ議論とプレゼンテーション。資料(パワーポイントのコピー)はオンラインで配布する。 Zoom の URL は ITC_LMS の「オンライン授業情報」や「お知らせ」に掲示しています。
成績評価方法
筆記試験(期末試験)を基本とするが、状況により、小テストやレポートなどに変更する可能性もある。
教科書
特になし
参考書
特になし
履修上の注意
11月29日(月)開講予定、Zoom の URL は ITC_LMS の「お知らせ」に掲示しています。 11/29 12/6 12/13 12/20 12/27 1/17 1/24 1/31(期末試験) 追試・追レポート等がある場合は、理学部3号館412講義室前掲示板、生物情報HP(http://www.bs.s.u-tokyo.ac.jp/*****)に掲載するので注意すること。
その他
Zoom の URL は ITC_LMS の「オンライン授業情報」や「お知らせ」に掲示しています。