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理論生物学

細胞システムの数理:非線形現象からロバスト性まで
システム生物学や神経科学に代表されるように、複雑な生命システムの動態を解析・理解するために数理が果たす重要性は、近年大きく高まっている。本授業では、細胞を単位とした生体システムを扱う数理的な手法や関連するトピックを概説する。

まず細胞システムの数理モデルの理解と解析に不可欠な反応速度論の導入を行う。 次にそれを応用した生体機能の解析例について、実験的背景と数理的なモデルを合わせて講義する。モデルは決定論的なモデルに限定し、数理の技術的側面よりは、いかに生体機能の理解に数理モデルが活用できるのかに重点を置く。 対象とする細胞機能としては、細胞の運命決定、分子認識、環境シグナル感知、細胞記憶、細胞振動現象、外環境への適応、内因的変動へのロバスト性などの問題を扱う。

具体的な実験的知見は主に単細胞生物の知見を主に紹介するが、関連する多細胞生物の現象についても言及する予定である。

なお、本授業では微分方程式に基づく決定論的な解析のみを扱う。1細胞のゆらぎやその解析に必要な確率的なモデリングについ学びたい場合には、「数理情報学特別講義 Ⅳ:確率細胞現象の数理」の履修をすすめる(今年度は開講無し)。
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時間割/共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
0560540
FSC-BI4B16L1
理論生物学
小林 徹也
S1
火曜4限
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教室
理学部3号館 412
講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
開講所属
理学部
授業計画
【下記内容を進行状況に併せて取り上げる】 1. ガイダンス, 細胞システムの数理(Introduction):4月9日 以降、下記よりトピックを受講者のバックグラウンドなどを考慮して選択する: ・反応速度論・微分方程式・フィードバックループ・反応の物理化学 ・反応過程の縮約と実効的方程式(Michaelis-Menten, Hill 方程式) ・細胞反応と非線形応答と細胞の分子認識(シグナル伝達系・免疫応答) ・非線形応答と非平衡性(非線形応答の熱力学的コスト) ・細胞の記憶と多安定状態 ・振動現象と負のフィードバック(概日リズム) ・動的な入力への細胞応答(動的入力に誘導される細胞分化) ・環境変動への適応と化学走性(完全適応) ・パラメータ変化へのロバスト性(温度補償現象) ・分子濃度変化に対するロバストネス(絶対濃度補償性) ・細胞のホメオスタシスとロバスト性 ・理論生物学的トピック1(定量発生学) ・理論生物学的トピック2(定量免疫学)
授業の方法
講義による。
成績評価方法
出席とレポートによって評価する。詳細についてはガイダンス時に伝える。
教科書
教科書は指定しない。
参考書
以下の書籍や記事が参考になる: ・"システム生物学入門 -生物回路の設計原理"、Uri Alon (著), 倉田 博之 (翻訳), 宮野 悟 (翻訳) 、共立出版. ・"生命科学の新しい潮流 理論生物学"、望月 敦史 (編集) 、共立出版. ・ウェットウェア: 単細胞は生きたコンピューターである、デニス・ブレイ (著), 熊谷 玲美 (翻訳), 田沢 恭子 (翻訳), 寺町 朋子 (翻訳) 、早川書房 ・"定量生物学 生命現象を定量的に理解するために", DOJIN BIOSCIENCE SERIES, 化学同人 ・"生命システムを定量する!", 実験医学 2013年5月号, 羊土社 ・"Physical Biology of the Cell", Rob Phillips(他), Garland Science. ・"Biophysics: Searching for Principles", Bialek, W., Princeton University Press ・"Cell Biology by the Numbers", Ron Milo & Rob Phillips, Garland Science
履修上の注意
各問題についての具体的な生物学的な知識は仮定しないが、DNAやタンパク質、セントラルドグマ、化学反応などの基本的事項は理解していることが望ましい。 数理的な側面については、線形代数や微分方程式の基礎(学部1,2年生程度)については勉強したことがあることを想定する。 追試・追レポート等がある場合は、理学部3号館412講義室前掲示板、生物情報HP(http://www.bs.s.u-tokyo.ac.jp/bioinfo/)に掲載するので注意すること。