学部後期課程
学内のオンライン授業の情報漏洩防止のため，URLやアカウント、教室の記載は削除しております。
最終更新日：2026年10月16日
授業計画や教室は変更となる可能性があるため、必ずUTASで最新の情報を確認して下さい。
UTASにアクセスできない方は、担当教員または部局教務へお問い合わせ下さい。
最終更新日：2026年10月16日
授業計画や教室は変更となる可能性があるため、必ずUTASで最新の情報を確認して下さい。
UTASにアクセスできない方は、担当教員または部局教務へお問い合わせ下さい。
生物情報ソフトウェア論I
生物情報ソフトウェア論Ⅰ／ Software and Algorithm Design for Biology I
近年の生命科学では、データを収集することが年々容易になり、巨大なデータベースが出現している。このような巨大データを解析して、たとえばDNA修飾や核内でのDNA折り畳み構造の変化が遺伝子転写や疾患へ及ぼす影響について理解が深まっている。数十万人規模の個人ゲノム解析を分析することで、疾患の予測精度が高まってきている。データを解析することが、基礎生物学および医学では大きな比重を占めるようになってきている。
本講義では、生命科学データ分析で使われるソフトウエアのなかで、中核となっている高速アルゴリズムが、どのように設計されているかを解説する。
本講義では、生命科学データ分析で使われるソフトウエアのなかで、中核となっている高速アルゴリズムが、どのように設計されているかを解説する。
時間割／共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
0560535
FSC-BI3B13L1
生物情報ソフトウェア論I
瀧川 一学
木曜2限
マイリストに追加
マイリストから削除
講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
可
開講所属
理学部
授業計画
以下のトピックに関する講義を行う。
個別の内容は受講者のバックグラウンドや授業進度に応じて適宜変更する可能性がある。
- 生物配列データ収集はなぜ高速化したか？
- DNA配列を高速に検索することは、なぜ生命科学で重要なのか？
- 高速検索の基礎：ソートアルゴリズムの復習、再帰的呼出、スタック管理、Suffix Array 構築
- 実用的に使われる線形時間アルゴリズムの設計例
- k番目要素を線形時間で計算するアルゴリズム
- Suffix array の線形時間構築
- Burrows-Wheeler 変換を利用した線形時間文字列探索
- ミスマッチ等を含んだ配列検索への拡張
授業の方法
スライドを用いた講義形式 (スライドPDFはLMSで配布)
講義実施予定日 4/9, 4/16, 4/23, 4/30, 5/14, 5/21, 5/28(試験)
成績評価方法
下記日程で行う筆記試験の成績を基本とし、必要に応じて課題等を併用し総合的に評価する。
日時： 5/28 10:25 - 12: 10
場所： 理学部１号館中央棟 337A講義室
履修上の注意
特別な予習は不要であるが、授業内容は体系的な教科書の内容ではなく、論文を基にした発展的内容を含むため、講義資料や適宜提示する参考資料などを用いてよく復習することを薦める / No special preparation is required. However, since the course content is not based on a standard, systematic textbook and includes advanced material drawn from research papers, careful review using the lecture slides and any reference materials provided is recommended.
