情報基礎実験

各教員が各タームごとに簡単な演習内容の解説を行い、対応するプログラミング演習課題に取り組む。/ Each instructor will briefly explain the exercise content for each term, and students will work on the corresponding programming and computational exercises. Part I. 浅井担当(instructor: Asai)(2023.10.3-11.2) 配列情報解析、RNA情報解析 Part II．森下担当 (Instructor: Morishita)(2023.11.7-12.14)     (1) DNA３次元構造予測     (2) エピゲノム解析, データマイニング, ゲノム区間推定     (3) クラスタリング，クロマチン構造解析 (4) 人類遺伝学 (5) 文字列処理アルゴリズムと計算量解析 　演習内容のページ　ITC-LMS Part III．木立担当 (Instructor: Kiryu) (2023.12.15-2024.1.26) 　　(1) 自動微分 (Automatic derivative) 　　(2) ハミルトニアンモンテカルロ法 (Hamiltonian Monte Carlo) 　　(3) RNA veclocityの推定 (Inference of RNA velocity)

各教員が出題する課題に各自取り組む。 （講義形式の解説や個別の技術相談も随時行う） レポート提出はITC-LMSまたは電子メールにて行う。 / Students will work on their own assignments given by each instructor. (individual technical consultations will also be provided as needed.) Reports will be submitted via ITC-LMS or e-mail. オンライン授業か対面授業かなどの講義形態については直前にITC-LMSにて通知する。/ Announcements such as Zoom URL and report assignments will be given at ITC-LMS.

授業への参加と、毎週提出する課題レポートによる。すべてのパートにおいて課題を提出して初めて単位を取得できる。/ Evaluation is based on class participation and assignment reports. Credit can only be earned by submitting assignments for all parts of the course.

プログラミング言語の教科書を各自読んでおくことが望ましい。/ It is recommended that students read their own textbooks on programming languages. http://metabolomics.jp/***** にも関連情報を掲載。/ Related information is also available at http://metabolomics.jp/*****

"アルゴリズムイントロダクション"　Cormen et al. １，２巻　近代科学社 "Algorithms on Strings, Trees and Sequences" D Gusfield, Cambridge Univ Press "Large-scale Genome Sequence Processing" M Kasahara, Imperial College Press

教材は教員毎に用意します。/ Teaching materials will be provided by each faculty member. プログラミング言語の教科書を各自読んでおくことが望ましい。/ It is recommended that students read their own textbooks on programming languages.