学部後期課程
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最終更新日：2024年4月22日
授業計画や教室は変更となる可能性があるため、必ずUTASで最新の情報を確認して下さい。
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生物情報ソフトウェア論I
生命科学データ(ゲノム、バイオイメージ等)の蓄積は顕著である。たとえば1日あたり約1兆塩基対を解読できる超高速DNA解読装置が普及し、
・ パーソナルヒトゲノムの多様性と疾患の関係
・ DNAのクロマチン構造
・ DNA修飾と遺伝子発現と機能の関係
について深い知識が得られつつある。
本講義では、生命科学データ分析で使われるソフトウエアのなかで、中核となっている高速アルゴリズムが、どのように設計されているかを解説する。目標は、将来自分でも設計できる力を身につけることである。
・ パーソナルヒトゲノムの多様性と疾患の関係
・ DNAのクロマチン構造
・ DNA修飾と遺伝子発現と機能の関係
について深い知識が得られつつある。
本講義では、生命科学データ分析で使われるソフトウエアのなかで、中核となっている高速アルゴリズムが、どのように設計されているかを解説する。目標は、将来自分でも設計できる力を身につけることである。
時間割／共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
0560535
FSC-BI3B13L1
生物情報ソフトウェア論I
森下 真一
木曜2限
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講義使用言語
日本語
単位
1
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
可
開講所属
理学部
授業計画
生物配列データ収集の超高速化
高速なゲノム処理および検索法
ソートアルゴリズム、スタック管理、大規模データ処理
Suffix Array 構築とk番目要素を線形時間で計算するアルゴリズム
Induced Sorting による suffix array の線形時間構築
Burrows-Wheeler 変換を利用した線形時間文字列探索
ミスマッチ等を含んだ配列検索
大規模なゲノムの比較とチェイニング法
授業の方法
MS PowerPoint / PDF ファイル を使用
講義ノートを以下のサイトから、パスワードを付けて配布
http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/courseware
パスワードは講義初日に配布
成績評価方法
試験を実施
プログラミング演習を実施
教科書
講義ノートを以下のサイトから、パスワードを付けて配布
http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/courseware
パスワードは講義初日に配布
参考書
● アルゴリズム Thomas H. Cormen, Charles E. Leiserson, Ronald L. Rivest, Clifford Stein: Introduction to Algorithms, Third Edition ISBN-10: 0262533057
履修上の注意
生物情報ソフトウェア論I,IIを併せて受講すること。
本講義で紹介したアルゴリズムを、３年生冬学期「生物情報科学 情報基礎実験」にて実装する演習をおこなう。
追試・追レポート等がある場合は、理学部3号館412講義室前掲示板、生物情報HP（http://www.bs.s.u-tokyo.ac.jp/bioinfo/）に掲載するので注意すること。
