大学院
過去（2016年度）の授業の情報です
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最終更新日：2024年4月1日
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新基盤生命学Ⅲ
新基盤生命学Ⅲ
New Basic Bioscience Ⅲ
バイオインフォマティクスで扱われるアルゴリズム、すなわち、計算機を用いて生物学データを解析するための手続きや考え方を幅広く学ぶ。具体的なトピックは、全解探索、グリーディーアルゴリズム、動的計画法、分割統治法、グラフアルゴリズム、組み合わせパタンマッチング、クラスタリングと系統樹解析、隠れマルコフモデルなどである。
時間割／共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
35617-7003
新基盤生命学Ⅲ
岩崎 渉、曲 薇、笠原 雅弘
水曜1限、水曜2限
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講義使用言語
日本語
単位
2
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
可
開講所属
理学系研究科
授業計画
第１回：4/6(水)
（１限）イントロ 笠原
（２限）1,2章 Introduction, Algorithms and Complexity 岩崎
第２回：4/13(水)
（１限）4章 Exhaustive Search 曲
（２限）5章 Greedy Search 曲
第３回：4/20(水)
（１限）6章 Dynamic Programming (1) 曲
（２限）6章 Dynamic Programming (2) 曲
第４回：4/27(水)
（１限）演習と理解度確認 岩崎
（２限）7章 Divide and Conquer 岩崎
第５回：5/11(水)
（１限）8章 Graph Algorithms 岩崎
（２限）9章 Combinatorial Pattern Matching 岩崎
第６回：5/18(水)
（１限）10章 Clustering and Trees (1) 曲
（２限）10章 Clustering and Trees (2) 曲
第７回：5/25(水)
（１限）11章 Hidden Markov model and Randomized algorithms 岩崎
（２限）テスト 岩崎・曲
授業の方法
講義
成績評価方法
期末試験による。また、学生の理解状況に応じてレポートを出す可能性がある。
教科書
"An Introduction to Bioinformatics Algorithms" MIT Press（日本語訳
「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」共立出版）
