大学院
過去（2016年度）の授業の情報です
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最終更新日：2024年4月22日
授業計画や教室は変更となる可能性があるため、必ずUTASで最新の情報を確認して下さい。
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分子系統学演習
分子系統学演習
(Phylogenetic tree construction based on molecular data )
単細胞から多細胞の高等植物／動物の大まかな分類とラテン名／英名を認識し，公開されているこれらの遺伝子等情報を自らのPCで取得し，解析できるようにする．この為に，単細胞レベルの真核生物の多様性とそれぞれのおおまかな特徴を理解してもらうこととゲノムが公開されている生物学名，分類と特徴も理解してもらう．
The objective is recognition of current taxonomic concepts and Latin names of eukaryotes from unicellular to multicellular organisms, in order to use sequence information deposited in DNA data bases for own phylogenetic analyses etc.
The objective is recognition of current taxonomic concepts and Latin names of eukaryotes from unicellular to multicellular organisms, in order to use sequence information deposited in DNA data bases for own phylogenetic analyses etc.
時間割／共通科目コード
コース名
教員
学期
時限
35617-0014
分子系統学演習
野崎 久義、仲田 崇志
集中
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講義使用言語
日本語
単位
2
実務経験のある教員による授業科目
NO
他学部履修
可
開講所属
理学系研究科
授業計画
以下1)〜6) に関連した研究紹介と系統樹構築等の演習を実施する． 1）真核生物の起源と細胞内共生． 2) 光合成植物に着目した真核生物の系統．3) 有性生殖の進化．4）雌雄性の誕生と性特異的遺伝子．5)藻類の記載分類学的研究．6)植物界の概念と大分類．
Seminar regarding evolution, diversity and taxonomy of eukaryotic organisms especially lower plants. Downloading of sequence information that is used for construction of phylogenetic tree etc.
授業の方法
できれば各自のPCを用いて演習を実施する．理学部2号館で無線LANが使用できるPC を持参することが望ましい．しかし，無理な場合は接続しないPC, PCなしでも受講可能．
Using your PC is hopeful to carry out downloading and analyzing sequence data. Also, your PC may hopefully be connected to the wireless LAN in our 2nd Biology Building. However, if impossible, no need to bring such a PC in the class.
成績評価方法
成績は講義受講状態及びレポートで評価する．
Based on the report and the behaviors etc. in the class.
教科書
特に指定しない．
No
参考書
分類関係の教科書なんでも．特に下等真核生物を扱ったもの．
系統解析については下記の3冊が参考になる。
Any books/texts related to taxonomy and diversity especially in lower eukaryotes
References for phylogenetic analyses are the followings (2 in Japanese).
「共進化の生態学（種生物学会 編，2008）」（第 11 章：pp. 313–340）：
系統解析手法の簡単な解説
「ゲノム進化を考える（斎藤成也，2007）」：
系統解析の基礎理論から進化の仕組みまでの解説
「Phylogenetic Trees Made Easy, 4th ed.（Barry G. Hall，2011）」：
MEGA5やMrBayesなどを用いた系統解析手法のマニュアル
Manual of phylogenetic analyses using MEGA5 and MrBayes etc.
履修上の注意
冬季集中である．出席することを基本とする．
Attendance of the class is essential.
その他
NCBI （上記ホームページ）でモデル生物とされているもの（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy）とJGIホームページで（http://genome.jgi-psf.org/）ゲノムが公開されている真核生物がどのようなもので、現代生物学的にはどのように分類されているかがわかるようになって欲しい．また、NCBI の高次分類システムも理解することを期待する．
It is hoped for the students to be able to recognize various current model organisms by Latin names in homepages of NCBI, JGI etc., and to use the deposited sequence data for their own studies.
